La rete idrografica dell'isola è poco sviluppata per la scarsità di precipitazioni. I corsi d'acqua del versante tirrenico, pur essendo molto numerosi, sono di breve corso e a regime torrentizio per la vicinanza della catena da cui hanno origine al mare. Tra i principali si possono citare il Fiume Torto, che ha origine nei Monti di Lercara e sfocia nelle vicinanze di Termini Imerese e il Fiume Oreto che bagna la Conca d'Oro.

I fiumi tributari del Canale di Sicilia sono di gran lunga più importanti perchè possiedono bacini idrografici più estesi ed hanno regime perenne anche se talvolta con scarse portate. Da ovest verso est, citando solo i principali, si incontrano il Fiume Belice. costituito da due rami dei quali il principale si origina nei Monti di Corleone, il Platani che sfocia presso Eraclea Minoa e il Salso o Imera Meridionale che dalle Madonie scende fino al mare di Sicilia, attraversando l'isola da nord a sud con un percorso di 144 km ed un bacino idrografico di oltre 2000 kmq.

Passando al versante orientale e procedendo verso nord si incontrano alcuni corsi d'acqua con discrete portate come il Tellaro e l'Anapo, che sfocia presso Siracusa, così come lo storico fiume Ciane che nasce dalle omonime fonti. Si passa quindi al più importante sistema idrografico dell'isola costituito dal Gornalunga, dal Dittaino, che scende dai Monti di Leonforte, e dal Simeto che nasce dalle pendici meridionali dei Nebrodi e raccoglie le acque dei versanti occidentale e meridionale dell'Etna. L'importanza di questi fiumi è legata alla loro abbondaza di acqua che consente una razionale irrigazione della fertile Piana di Catania, dove scorrono per i loro tratti terminali. A nord dell'Etna scorre l'Alcantara che incide le pendici settentrionali del vulcano con le note gole (si veda alla voce Gole dell'ALCANTARA). Dalla catena peloritana infine hanno origine numerose fiumare a carattere stagionale con caratteristiche simili ai torrenti dei versante tirrenico.

La Sicilia è praticamente priva di laghi naturali importanti: frequenti sono invece i bacini artificiali nelle zone montane.

Lungo le coste si incontrano con una certa frequenza stagni salmastri, detti bivieri o pantani che si formano alle spalle delle dune costiere. Alcuni esempi sono osservabili nei litorali dell'estrema propaggine meridionale dell'isola o presso Capo Peloro. Molti di questi stagni sono stati bonificati nel recente passato per consentire la coltura delle poche aree pianeggianti.